Không có con số chính thức về mức độ thiệt hại về người và của cả hai bên; chỉ biết khi tháo chạy, quân Việt đã bỏ lại 48 cổ đại bác, 15 chiến thuyền[13] và nhiều thuốc đạn nơi thành Biên Hòa.

Trong lúc liên quân Pháp-Tây Ban Nha đi tấn công Biên Hòa và Bà Rịa, đoàn chiến thuyền của họ còn rảo theo ven biển đánh đắm trên trăm thuyền của dân và của triều đình, nhiều nhất là ở hải phận Phan Rí thuộc Bình Thuận.

Và sau khi rơi vào tay liên quân, tỉnh Biên Hòa được chia thành 3 tỉnh Biên Hòa, Bà Rịa (nay thuộc tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu) và Thủ Dầu Một (nay là thị xã tỉnh lỵ tỉnh Bình Dương). Thành lũy ở Biên Hòa và Bà Rịa đều bị phá bỏ.

Về phía Pháp, ngay trong ngày đầu tiên tấn công (14 tháng 12 năm 1861), tàu Alarme của Pháp đã bị bắn trúng nhiều phát đại bác, gây hư hại nặng, gãy cả cột buồm.